Spécialiste de l'intégration européenne, François Saint-Ouen a enseigné dans plusieurs universités en France et en Suisse, notamment à l'Université de Genève. En 1990, dans le cadre d'une mission initiée par le Président et le Congrès des pouvoirs locaux et régionaux du Conseil de l'Europe et la Fondation FEDRE, avec le soutien du Canton de Genève, il accompagne et conseille le Ministère des Réformes de Pologne, pendant la transition démocratique de ce pays. Avec son collègue, il crée le Bureau d'information du Conseil de l'Europe à Varsovie.
Pendant de nombreuses années, il a également été conseiller principal et secrétaire général de la Fondation FEDRE pour le développement durable des régions européennes, travaillant sur les questions liées aux institutions régionales et aux composantes du développement durable. Il a été particulièrement actif dans les Balkans.